První písemná zmínka o obci pochází z roku 1046. Strachotínské hradiště se nacházelo na močálovité rovině kousek od řeky Dyje. V roce 1073 byl Strachotin uveden na listině mezi krajskými městy. Kolem roku 1176 patřil Strachotín ke knížectví znojemskému knížete Konrada III. Strachotín byl v roku 1334 povýšen na městečko, v této době měl i soudní pravomoc a patřil k hradu Děvičky, které získal rod Lichtenštejnů. Podle urbáře z roku 1414 byla obec obestavěna a vstup do něj umožňovaly dvě brány. 1512 se v obci vybíralo koňské mýto. Rudolf II. v roce 1582 udělil obci právo konat v určitých dnech trhy a jarmarky. Tzv. výroční a dobytčí trhy se konaly ve středu před sv. Josefem, Janem Křtitelem, Bartolomějem a Alžbětou. Týdenní trhy byly každou středu. V 16.století zde existovala novokřtěnská obec v níž žili tzv. Habáni, kteří byli příslušníky protestantské sekty novokřtěnců a jejich kořeny sahali až do Švýcarska, zde měli osadu.
